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未来世界，感染了X病毒的恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是七天的时间，地球一半的领土便宣告陷落。人民流离失所，隐藏在最后保留徘徊。国际科学和技术机构（ISO）的南部博士（kishitani五郎饰）发现了一个神秘的石头可以分配给特定的群体和强大的实力，而实力提高的超级士兵挡住魔鬼党的候选人。在此之后，鹫尾健（松坂桃李 饰）、大月纯（刚力彩芽 饰）、大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木良平 饰）等人得到ISO的发掘，经过连番常人难以想象的特训，他们成长为对抗恶魔党的科学忍者队战士。某次战斗后，健的老友浅仓乔治（绫野刚 饰）加入进来，他们奉命去保护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚（中村狮童 饰），以期获取Last Suicide计划的详情。 　　面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心悄悄发生着变化……