金鱼姬是一条活泼好动的小鱼，一次偶然的机会，它在涨潮时被冲进了玻璃瓶中无法脱身。此时，刚好来海边玩耍的男孩宗介路过，帮它解困，从此人鱼相识。身为海员的父亲经常出航，宗介和母亲一起住在悬崖边的小屋上。宗介把金鱼抱回家里喂养，一起玩耍，感情甚笃。在宗介用石头把玻璃瓶敲碎时，弄破了手指，金鱼姬沾染到了人类的血，后来金鱼姬被古怪男子抓回了大海之中。原来海洋中还有另外一个世界，那里有个操控水文环境的古怪男子藤本，因为发现了人类污染环境的丑陋，所以自造了另一个水中世界。他发现金鱼姬沾染了人气，正准备用魔法将它打回原形，却事与愿违……