主人公小菜一直无法从失去小零的阴影中走出，使得小雪产生了不满。这时小菜情敌出现，小菜面临失去小雪的危机。小菜的生活又开始陷入低潮。小菜在校园遇见一个和小零极其相似的女孩，但是性格却大相径庭，经过一些有趣的误会，他们也成为了朋友。于此同时，另外一个母体电影少女01号红菱浮出水面。MR.SIN给她下达了消灭小零，为05号复仇的指令，却没想到红菱另有打算。 一系列电影少女的失踪和小菜情敌的丧失神智，让MR.SIN感觉到了危险，然而这时红菱已经成为了凌驾在他能力之上的存在。 小菜终于得知小零就是原来的那个小零，只是失去了之前的记忆，他竭力想令小零恢复记忆，却不知道恢复记忆的代价就是小零再次消失------