故事讲述古日本的室町时代中叶，经历了应任、文明等动乱之后，当权的足利幕府的威信大幅动摇，是个君不君臣不臣的时代。一名武士醍醐景光，为了出人头地，而将尚未出生的儿子献祭给48个魔神。
那个孩子百鬼丸降生后得到了医生寿海全力的救治而活了过来，医生给了他义肢和假身，并且给他装上了护身的妖刀，就这样百鬼丸逐渐地成长了起来。在知道了只要打倒那48个魔鬼就可以夺回自己身体这个事实后，百鬼丸开始了讨伐魔鬼的旅行。小偷多罗罗知道百鬼丸身上带着值钱的妖刀，为了偷到刀，她和百鬼丸开始了一段惊险的旅程……