沙漠的深处，有一座已经快被人遗忘了的方舟空军基地。
一阵急促的警笛声打破了基地原有的平淡和安静，一项紧急的任务被交到方舟基地手中。而紧急迫降的新式战机霹雳也在此时来到了方舟基地，方舟基地陷入一片混乱中。
为了营救在沙漠中失踪的战斗机大可，方舟基地派出了基地最优秀的战斗机雷鸣，但是霹雳却坚持要求执行这次任务，于是一场较量在霹雳和雷鸣间展开。虽然霹雳的性能好于雷鸣，但雷鸣却有着丰富的作战经验，几个回合的较量下来，急于求胜的霹雳一败涂地。
失败后的霹雳被众人耻笑，而机场里的老前辈——退役战机老卢给霹雳好好上了一课，让霹雳知道丰富的临场作战经验比性能更为重要，霹雳虽然表面不屑一顾，然而内心已经开始动容。霹雳顽强的训练，让退役战机看到了当年自己的影子。而直升机小雨也对刻苦训练的霹雳产生了好感，长久的相处中，直升机小雨深深的爱上了霹雳，但那时雷鸣也在苦苦的追求着直升机，一时间三人的关系变得尴尬不已。
在一次训练中，霹雳的翅膀受了伤，好强的他没有任何表露。而小雨却发现了霹雳的一个秘密，为了证明自己的清白，弥补自己的过失，霹雳偷偷踏上了寻找大可的历程。
而这时一场巨大的风暴也悄悄降临，失去雷达导航的霹雳在沙漠中迷失了方向，而发现霹雳失踪的小雨，独身一人去沙漠中寻找霹雳。巨大的风暴中，霹雳和小雨终于尽释前嫌，相互鼓励。
由于霹雳和小雨迟迟未归，雷鸣请命去带回他们，并完成空军总部交予的任务，霹雳、雷鸣和小雨放下了彼此心中的心结，紧密团结在一起，为了完成任务，保护方舟基地而共同努力。
而在方舟基地这边却失去了他们三人的行踪，但是为了保护基地成员的安全，基地最高指挥官塔台忍痛决定放弃寻找。可是大家决定克服一切困难，集体出击，营救自己的伙伴，决不放弃，浩浩荡荡的救援队冒着大沙暴踏上了救援之路。
沙暴渐渐小了下来，大家终于在沙漠深处找到了他们，然而此时小雨已经奄奄一息，霹雳决定由自己去完成最危险的任务，完成自己未完成的使命。
大家终于安全返回基地，但是霹雳却没能和大家一起回去。
三个月后，奇迹出现了。