根据同名游戏改编，阿拉斯加Shadow Moses岛，高科技部队“FOXHOUND”与他们带领的次世代特殊部队突如其来地起义，占据了废弃核子武器研究所。他们自称“Big Boss的儿子们”对美国政府要求交付Big Boss的遗体。如果24小时以内没有接受的话，就会发射核弹。
美国政府招集原FOXHOUND司令官Roy Campbell上校为镇压作战的司令官。坎贝尔上校招集了原FOXHOUND队员Solid Snake。为了解决这次的恐怖活动，救出2名人质。一边传达任务内容，一边接受各领域的专家们的支持，Snake的单独潜入任务开始了……